"...То есть, правильно я понимаю, что если к видеофайлу, содержащему вшитую звуковую дорожку (test.mp4), поместить отдельный звуковой wav-файл (test.wav), то вшитая аудиодорожка не будет видеться Форвардом?..."
Да, именно так. Если рядом с файлом test.mp4 будет находиться рядом файл test.wav, то звук будет браться именно из него (test.wav).
Важно! Названия файлов должны быть одинаковые.