"...Подскажите, пожалуйста, как сделать так, чтобы логотип на рекламе менялся? Типа как у СТС на полупрозрачный..."
Скопируйте титровальный объект с логотипом с теми же параметрами. После этого в новом титровальном объекте в элементе, который занимается показом логотипа, параметр "Альфа" уменьшите, например, на половину.
Управлять логотипами можно либо из расписания вещания, либо вручную.