"...Если при доустановке конкретного плагина из пакета сняты все галочки кроме требуемого плагина, то не удалятся ли все те плагины, галочки напротив которых не проставлены?..."
При переустановке/доустановке плагинов сносятся все, которые были установлены прежде. Ничего не остаётся.
При запуске инсталлятора плагинов будут взведены все "грыжики", для плагинов, которые были установлены прежде. Это сделано для того, чтобы не забыть выбрать нужные в процессе реинсталляции.
Включите "грыжик" для тех плагинов (не снимая для установленных ранее), которые вы собираетесь доустановить и продолжайте процесс инсталляции плагинов.
