"...Установил цвет файлов в расписании, но при загрузке расписания цвет файлов приходится заново устанавливать. Очень неудобно. Может это возможно как-то сделать автоматически?..."
Цвета команд в расписании сохраняются, только если расписание сохраняется и загружается в формате airx. Кроме того, нужно в OnAir3 включить настройку "Сохранять цвета файлов при загрузке расписания",
В формате air цвета не сохраняются в принципе.